1866

Die oorsprong van die Fakulteit Natuurwetenskappe dateer terug tot 1866, toe kursusse in Wiskunde en Natuurwetenskappe  deel uitgemaak het van die opleiding wat die Stellenbossche Gymnasium (vandag bekend as Paul Roos Gimnasium) aangebied het.

1874

Die tersiêre afdeling van die Gymnasium, die sogenaamde Arts Department, is in 1874 gevestig ná 'n verandering in wetgewing wat die vorige Board of Examiners met die University of the Cape of Good Hope vervang het. 

1881

Die Arts Department “verkry kollege-status" en staan bekend as die Stellenbosch College.

1874

Die Skotse Professor George Gordon word as die eerste professor in wiskunde en natuurwetenskappe aangestel.  Op daardie stadium was daar slegs twee professors in die Arts Department.​

1875

Daar was slegs vyf studente geregistreer vir die BA-graad, waarvan slegs een gegradueer het.

1878

HJL du Toit word die eerste student in die Kaap van Goede Hoop wat 'n MA-graad in Wiskunde en Natuurkunde onder Professor Gordon se studieleiding verwerf het.

1886

Victoria College se Department of Language and Science is oorspronklik gehuisves in 'n klein geboutjie wat behoue gebly het op die hoek van Plein- en Ryneveldstraat in Stellenbosch. In 1893 het Prof William Thomson dit beskryf as “a two-roomed thatched cottage that leaked with every shower in winter". Die wetenskaplike toerusting vir sy Laboratory for Experimental Sciences is gestoor in twee muurkaste van 'n paar kubieke meter elk. In 1886 het die kollege verskuif na die Ou Hoofgebou.

1887

Die Kollege se naam verander na die Victoria College om Koningin Victoria se vyftigste jaar op die troon te vier.

1903

Die Ou Hoofgebou het gou te klein geword en in 1903, op inisiatief van Professor John Todd Morrison, is die Jan Marais Gebou vir Fisika voltooi. 

1918

Die status van Victoria College verander na die Universiteit van Stellenbosch, met die Fakulteit van Wiskunde en Wetenskap as een van die vier fakulteite wat gevestig is in die nuwe instelling. In 1957 is die fakulteit herdoop na die Fakulteit Natuurwetenskappe.

1922

Toe die Universiteit van Stellenbosch in 1918 gestig is, was dissiplines soos Wiskunde, Toegepaste Wiskunde, Fisika, Chemie, Geologie, Plant- en Dierkunde reeds goed gevestig. In 1922 is die Departement Fisiologie gestig met Professor PJ Battaerd as hoof.

1925

Die Departement Huishoudkunde kom tot stand, met Me Ivy van der Merwe as dosent In 2001 het die ontbondeling van hierdie departement gelei tot 'n BSc-stroom in Tekstiel- en Polimeerwetenskap binne die Departement Chemie en Polimeerwetenskap.

1963

Uitdruk van die eerste rekenaarprogram wat deur die US se eerste elektroniese rekenaar, ’n IBM 1620, uitgevoer is.

1969/70

In 1969 het die Departement Wiskunde 'n eenjaarkurus in Rekenaarwetenskap ingestel en in 1970 is die Departement Rekenaarwetenskap gestig met Professor George Murray as die eerste departementshoof.

1974

The Department of Biochemistry was established in 1974 after the merger of the division biochemistry in the Department of Chemistry with the Department of Agricultural Chemistry. Professor JH Barnardt was the first head and Professor JL de Wit the first professor in this new department.

1995

Die Sentrale Analitiese Fasiliteite (SAF) kom tot stand met sewe groot analitiese instrumente. Vandag het navorsers en nagraadse studente toegang tot voorpunttegnologie wat analitiese apparaat aanbetref wat gesteun word deur hoogs opgeleide tegnici. Dit sluit in 'n CT skandeerder, DNS-opeenvolging, Elektronmikroskopie, Fluoresserende mikroskopie, Induktiefgekoppelde plasma-massaspektrometrie, en X-straal Fotoëlektron-spektroskopie, Massaspektrometrie, Neuromeganika en Kernmagnetiese resonansie.

1997

Die oorsprong van die Departement  Mikrobiologie soos wat ons dit vandag ken, dateer van 1918 met navorsingaktiwiteite in die Departement Plantpatologie in die Fakulteit Agriwetenskappe.  Die grootste gedeelte van die navorsing was gefokus om fungi van belang vir die landbousektor te isoleer en te bestudeer. In 1958 het Professor Hennie Louw die eerste Suid-Afrikaanse wetenskaplike geword om 'n PhD in Mikrobiologie te verwerf. In 1961 het die Departement van Plantsiektestudies (tans Plantpatologie) en Mikrobiologie twee afsonderlike akademiese departemente geword met Professor Louw as die eerste hoof van die nuwe Departement Mikrobiologie. In 1997 is die Departement Mikrobiologie by die Fakulteit Natuurwetenskappe ingelyf.

2000s

Oor die afgelope twee dekades het die departementele struktuur van die Fakulteit Natuurwetenskappe aansienlik verander ten einde by te hou met groeiende studentegetalle, veranderende akademiese behoeftes en internasionale tendense.
In die vroeë 2000s het die afsondelike Departement Botanie en Department Soölogie hulle navorsingfokusareas versterk deur saam te smelt en die veel groter Departement Plant- en Dierkunde te vorm. 

Binne die Wiskundige Wetenskappe is groter sinergie tussen verskillende navorsingsareas in 2006 geskep deur die samesmelting van die individuele Departmente van Wiskunde, Toegepaste Wiskunde en Rekenaarwetenskap om die Departement Wiskundige Wetenskappe (Afdelings Wiskunde, Toegepaste Wiskunde, Rekenaarwetenskap) te vorm. Vóór 2006 het Toegepaste Wiskunde en Rekenaarwetenskap onder die Fakulteit Ingenieurswese geressorteer.

2004

Die DWT/NNS Sentrum van Uitnemendheid in Indringerbiologie het in 2004 in die Fakulteit Natuurwetenskappe tot stand gekom met Prof Steven Chown as die eerste direkteur. Hy is opgevolg deur Prof. Dave Richardson wat die Sentrum vanaf 2012 tot 2022) bestuur het. Die Sentrum is vandag deel van die Skool vir Klimaatstudies en staan sedert 2025 onder leierskap van Prof. Tatenda Dalu.

2006

In 2006 het die Fakulteit nog twee Sentrums van Uitnemendheid ryker geword: die Suid-Afrikaanse Sentrum vir Epidemiologiese Modellering en Analise (SACEMA) en die Nasionale Instituut vir Teoretiese Fisika (NITHeP). SACEMA is vandag deel van die Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke., terwyl NITheP in 2025 hervestig is as die Nasionale Instituut vir Teoretiese- en Berekeningswetenskappe (NITheCS) onder die direkteurskap van Prof. Francesco Petruccione.

2010

In 2010 is die Universiteit Stellenbosch se Waterinstituut (SUWI) gevestig ‒ 'n inisiatief van die toe dienende dekaan, Professor Eugene Cloete, ten einde die onderskeie waternavorsingsgroepe binne die groter universiteitsomgewing se werk te sinchroniseer. Onder die leierskap van Prof Gideon Wolfaardt (2014-2024), het SUWI dit ten doel gehad om die dryfkrag te wees agter die ontwikkeling van tegnologie en innovasie, en navorsing te bevorder om die uitdagings wat 'n waterskaars land in die gesig staar, die hoof te bied. Prof. Wesaal Khan is in 2024 as die nuwe direkteur aangestel.

Prof Louise Warnich word aangestel as dekaan van die Fakulteit Natuurwetenskappe, die eerste vroue dekaan in die fakulteit se geskiedenis.​ Sy dien vir twee termyne (2014-2024) en word opgevolg deur Prof. Burtram Fielding in April 2024.

Prof Hugh Patterton, 'n kenner op die gebied van bioinformatika, word aangestel om 'n Sentrum vir Bioinformatika en Berekeningsbiologie op die been te bring wat oor fakulteitsgrense heen sal funksioneer. Die instelling van die Humboldt Navorsingsleerstoel in Groot Data Analise by die Afrika Instituut vir Wiskundige Wetenskappe (AIMS) in 2017 het hierdie inisiatief verder versterk.

Die Fakulteit Natuurwetenskappe publiseer ’n gedenkboek om honderd jaar van wetenskape by die US te vier. Die boek se titel is ’n Besonderse Denkraamwerk: Fakulteit Natuurwetenskappe, Universiteit Stellenbosch, 1918-2018. 

Die Natuurwetenskappe Gebou was naas Opvoedkunde die tweede gebou om in 1916 gebou te word oorkant die ou rugbyveld. Dit was die tuiste van die Departemente Soölogie, Botanie, Geologie en Toegepaste Wiskunde.

Die tweede gebou, die De Beers Gebou vir Chemie is in 1923 voltooi. Met verloop van tyd is ses geboue vir die Fakulteit Natuurwetenskappe opgerig langs Merrimanlaan. Hierdie geboue is steeds die tuiste van die oorspronklike akademiese departmente waarvoor hulle oorspronklik gebou is: 

• Merensky Gebou vir Fisika (1940)
• Eerstejaarschemie Gebou (1957)
• Kamer van Mynwese Gebou vir Geologie (1963)
• Anatomie en Fisiologie Gebou (1957)
• ​JC Smuts Gebou vir Mikrobiologie, Biochemie en Genetika (2000).